手持ちでインストールできなかったのは以下のソフト
・HAWK F-123
・クイズまるごとTheワールド
・ゲイングランドSX
・ゲッツェンディーナー
・スーパーCD-ROM2体験ソフト集
・スーパーリアル麻雀PIV カスタム（後期版）
・チャンピオンシップラリー
・ときめきメモリアル　4版（１～3版はOK）
・ファージアスの邪皇帝
・ファイティング・ストリート
・ヘルファイアーS
・格闘覇王伝説アルガノス
・獣王記（修正版）
・天外魔境ZIRIA（初版）
・GAME EXPRESS全般（ゲームメディアとして認識せず）
・しあわせうさぎ系
・ムックなどのソフト（体験版）
・非売品（サンプル版、店頭用体験版）

　いわゆるリングナンバーを見る限り、修正版の話が聞かれないソフトでインストールできないのは割と初版であろうソフト（R1Dとか１FAATとか入ってる）が引っかかっています。自分では判定できないものもありますが。
　また、ときメモとかP4カスタム、獣王記のように修正版が出ている認知度の高めのものが引っ掛かります。その割には、ラストハルマゲドンはちゃんと2種類持ってるんだよなあ（初版はシステムカード1.0じゃないと不具合が出る）。

　あと1点あるとしたら、リンダキューブは初版も修正版も同じところに取り込みます。
　これは想像ではありますが、Polymegaでは以下の判定を行っていると思われます。というか、自分ならこう作りますって話ですが。
　１．どのハードのCD-ROMか
　２．データ部のCRCもしくはヘッダ部を確認
　３．データベースの情報と比較して判定

　リンダキューブの初版はトラックが1つ欠けてるだけでプログラムは修正されていませんので、データ部のCRCは初版も修正版も一致します。そのため、同一ソフトとして認識されていると考えられます。

　今後の更新見込みについて、ベータテスターさんの話ですと、製造者が持っていないソフトは対応しないようなので、DBの更新はかなり後になるんじゃないかなあと勝手に予想します。

　あとはPCのエミュでやるか、Polymegaでやるかって話になりますが、その辺りは個々人の使い勝手次第かなと思います。